Origini e sviluppo
Gli inizi
Il Museo fu aperto nel 1902 in un locale del convento di S. Salvatore, dove nel 1901 erano iniziati i corsi di studi biblici per i religiosi dell'Ordine Francescano. La collezione, che comprendeva, tra l'altro, il tesoro di oggetti liturgici medioevali di Betlemme e i vasi della farmacia di S. Salvatore, fu ordinata dal p. Prosper Viaud, coadiuvato da fra Emilio Dubois che preparò alcuni plastici di Gerusalemme e di Betlemme.
Un notevole incremento si ebbe con la donazione della collezione numismatica del p. Giacinto Tonizza e della raccolta egiziana di fra Cleofa Steinhausen.
Tale materiale fu riordinato nel 1924 dal p. Gaudenzio Orfali, di Nazaret, uno dei pionieri tra gli archeologi francescani.
Il trasferimento nel convento della Flagellazione
Con l'apertura dello Studium Biblicum Franciscanum nel convento della Flagellazione, si decise di trasferirvi anche il museo per affiancarlo alla biblioteca come necessario complemento di studio e di ricerca. Il p. Gianmaria Amadori fu incaricato di esporre le collezioni nelle sale al pianterreno dei lungo edificio della Via Dolorosa, ristrutturato per le nuove finalità. Il p. Amadori riservò una sala alla raccolta di fauna e flora palestinese che egli da anni era andato mettendo insieme dedicandosi personalmente alla imbalsamazione degli animali.
Il museo nella nuova sede fu inaugurato il 10 febbraio dei 1931. Nel 1939 era pronto il catalogo preparato dal p. Bellarmino Bagatti. Primo direttore dei museo fu il p. Sylvester J. Saller che lo arricchì considerevolmente con i reperti degli scavi da lui condotti al Monte Nebo, ad Ain Karim, Betania, Betfage.
Nel 1954 al p. Saller successe il p. Augustus Spijkerman che ne fu direttore fino alla sua morte improvvisa il 23 giugno 1973. Al p. Spijkerman il museo deve la specializzazione nel settore numismatico, in particolare per la monetazione di epoca romana delle città della Palestina, Decapoli e Provincia Arabia. (Transgiordania).
L'organizzazione del Museo fino al 2015
Con l'apporto considerevole degli scavi archeologici condotti dai professori dello SBF nei santuari cristiani affidati alla Custodia di Terra Santa, il nucleo primitivo dei museo si era sviluppato tanto da rendere insufficienti i locali del pianterreno ad esso destinati. Si rese necessaria una ristrutturazione sia dei locali che del materiale in esposizione. Fu seguito il criterio della provenienza degli oggetti allo scopo di meglio documentare il lavoro dello SBF nel campo della ricerca archeologica di Palestina.
Tre sale erano dedicate agli scavi di Nazaret, Cafarnao e Dominus Flevit, data l'importanza che queste tre località hanno avuto nell'aprire nuove prospettive all'archeologia cristiana di Palestina e al problema storico delle origini cristiane, o giudeo-cristiane, della comunità palestinese.
Le altre sale erano suddivise per ordine di importanza tra gli scavi praticati sul Monte degli Olivi, nei santuari di Gerusalemme o dei dintorni, nel deserto di Giuda, in Transgiordania, in Galilea e nelle due fortezze erodiane di Herodion e di Macheronte. La collezione dello SBF si caratterizzava così come il museo archeologico delle origini cristiane, al servizio degli studiosi e dei pellegrini che sempre più numerosi salivano alla città santa.
Il Museo conteneva anche una piccola collezione di oggetti mesopotamici ed egizi, una serie di pitture (XV sec.), antifonari (XIV sec.) e una ricca raccolta di vasi di farmacia (XVII-XIX sec.).
Nel pianterreno dell'edificio si trovava anche un museo lapidario che ospitava elementi architettonici, iscrizioni e altri pezzi di diverse epoche: greco-romana, bizantina, crociata ecc. Degna di particolare menzione era la raccolta di ossuari del I o Il secolo del cimitero giudeo-cristiano scoperto nel 1951 sulle pendici dei Monte Oliveto, al Dominus Flevit, e il battistero proveniente dalla basilica costantiniana dei S. Sepolcro.
Più di recente, fu aggiunta una collezione privata al Museo appartenente a P. Godfrey Kloetzli OFM, deceduto il 27 ottobre 1992.